一名身處外國的香港網民發現，港鐵 APP 在短短三日向其取用了 26 次定位權限。該網民指，他已離開香港一段時間，亦近兩年沒有使用過此 APP，期間也沒有開啟自動更新功能。他續指，沒有使用該 APP 也被頻繁地定位，其私隱程度令人擔憂。
他提出，港鐵或會使用其 APP 收集示威者的定位數據，換句話說，有下載此 APP 的示威者，其行蹤或已被港鐵掌握。更甚的是，用家們難以估計該 APP 除定位外，還有否要求取用如聯絡人資料、相片、電子交易記錄等的其他數據。
早在 6 月 12 日，港鐵已要求用家配合港鐵在站內裝設的藍牙接收裝置，允許其 APP 取用手機的藍牙以及全球定位，以推行新增設的「落車提示」服務。
有其他網民回應，只要關閉 MTR APP 的取用定位權限即可，惟有其他網民反指他從不開啟定位功能，但網絡公司仍然掌握其行蹤與位置，因除 GPS 之外，還可用 Wi-Fi 以及 4G 基站等的方法去推算手機位置，故直接刪除有私隱憂慮的 APP 才是上策。
至於關閉「MTR Mobile」取得手機定位資訊的方法，在 iOS，可打開設定App，進入「MTR Mobile」的項目，再進入「位置」選項，把它設定為「永不」便可。而在 Android 10，同樣可打開設定App，進入「位置」，進入「應用程式權限」，選取「MTR Mobile」App，選取「拒絕」提供位置資訊。當然更擔心的朋友可考慮是否將 App 刪除。