位於深圳的新皇崗口岸大樓主體結構已封頂，深圳當局預計 2026 年內正式啟用該設施。屆時將首次在深圳實施「合作查驗、一次放行」通關模式。市民北上只需使用回鄉證，過關時間可由現時約 30 分鐘大幅縮短至約 5 分鐘。深圳市市長覃偉中確認，今年將全面建成啟用新皇崗口岸，加強與香港北部都會區發展策略對接。
新皇崗口岸聯檢大樓採用「未來式」設計風格，樓高 10 層，地面及地底各佔 5 層。民建聯副主席陳勇表示，大樓主體已封頂，每層均設有出入境服務，日後可供跨境巴士及私家車過關。大樓更預留空間接駁港深兩地鐵路，模式類似羅湖口岸，相信可成為北部都會區重要設施。目前大樓已完成外牆及內部裝修工程，同時安裝冷氣機等機電設備，進度良好。
立法會議員陳恒鑌表示，新皇崗口岸將設 90 個櫃台檢查證件，採用類似澳門青茂口岸「合作查驗、一次放行」通關模式。市民北上只需使用回鄉證，透過拍卡或人臉識別驗證，再完成指紋檢驗，即可完成兩地出入境檢查，全程只需排隊一次。相比現時皇崗口岸需要上車過一關、落車過一關模式，新口岸可讓乘客直接在車上完成過關。
保安局局長鄧炳強曾表示，新皇崗口岸實施「北上回鄉證、南下身份證」的「一證過關」模式，期望能大幅縮短過關時間。由於香港入境處系統資料不會交予內地，市民若希望使用服務，需要自行向內地部門預先登記，同意內地獲取相關資料。新口岸完成後將停止貨運檢查服務，轉型為旅客專用口岸，並實行 24 小時通關。
陳恒鑌關注私家車及跨境巴士通關流程。由於乘客需要下車到櫃台處理出入境手續，或會出現「人等車」或「車等人」情況。他已向當局表達關注櫃台數量是否足夠，確保理順人車分流，讓市民及內地旅客便利過關。立法會議員姚銘則表示，口岸人員說明現時規劃的出入境車輛查驗櫃台數量已按車流量平均配置。實施「合作查驗、一次放行」模式後，流程預計更順暢，可避免櫃台不均造成的等候問題。