10 月 12 日正式啟用的新皇崗口岸，在 18 日重陽節假期迎來首次大規模人流考驗。大批市民趁長周末北上，令口岸在中午高峰時段出現嚴重擠塞，部分旅客據報需輪候長達 2 小時。除了人流急增，大量旅客未預先登記「合作查驗」e-道、不熟悉閘機操作，以及新系統仍處於磨合階段，均被指是拖慢通關速度的原因。
未預先登記 e-道 閘機操作問題拖慢人流
新皇崗口岸採用「合作查驗、一次放行」模式，旅客透過自助通道接受一次證件及身分核實，便可完成香港與深圳兩地的出入境手續。口岸設有 134 條合作查驗自助通道及 68 個傳統人工櫃枱，官方原先預計整體通關時間可由約 30 分鐘縮短至約 5 分鐘。
不過新系統要求旅客另行登記合作查驗服務。《星島日報》綜合多名立法會議員包括陳恒鑌、莊豪鋒、邵家輝、譚鎮國意見指出，不少旅客未預先完成登記，抵達閘機後才需要辦理相關手續，部分人亦不熟悉系統操作，需要職員協助。
報道引述現場旅客表示，部分長者不懂得使用指紋掃描器，亦不清楚需要在螢幕點按「同意」鍵。當閘機亮起紅燈，職員需上前協助，增加每名旅客的處理時間。人流因而在自助通道前積壓，甚至倒灌至扶手電梯及轉彎位置。
新系統被指不時重啟 巴士集中抵站加劇樽頸
《星島日報》引述議員意見指出，新口岸的系統及機件仍處於啟用初期的磨合階段，部分電腦不時需要重新啟動，影響旅客通關效率。不過當局尚未公布相關系統故障的次數、持續時間，以及對整體通關能力的實際影響。
口岸內部動線亦被指加劇擠塞。由於新田交匯處出現交通擠塞，多輛巴士可能在短時間內集中抵達口岸，大批乘客同時進入大樓。當自助通道未能及時消化人流，旅客便在兩段扶手電梯及轉彎位置積聚。
保安局數字顯示，18 日中午 12 時至下午 2 時，共有約 19,000 人次經皇崗口岸離境，較落馬洲管制站過往同期增加 835%。其中下午 1 時至 2 時錄得 9,728 人次離境，升幅達 899%。
《星島日報》報道部分旅客需等候 1 至 2 小時。保安局則表示，高峰期間旅客在 L2 層輪候人流分流約需 30 至 45 分鐘，L5 層離境大堂的輪候時間維持在 30 分鐘以內。兩者反映的輪候範圍及統計方式有所不同。
e-道可即場登記 7 歲以上合資格兒童亦可使用
入境處資料顯示，合資格的 18 歲或以上香港居民可透過「香港e-道」手機 App，配合「智方便」預先登記合作查驗服務。未有預先登記的成年人亦可在皇崗口岸的自助服務站、登記處，或符合條件下直接使用合作查驗閘機辦理登記及通關。
至於小童，當局規定年滿 7 歲並符合資格的香港居民可使用「讀證」自助通關，7 至 17 歲人士可由父母或監護人代辦登記。免出示證件的「刷臉通關」則須年滿 14 歲。因此未能使用人面識別的兒童，並非全部需要轉用人工通道。
新系統容許旅客到場登記，但當大量首次使用者同時在閘機辦理登記，便可能延長每人的操作時間。入境處因此建議合資格旅客預先完成登記，減少現場辦理手續的需要。
保安局稱已啟動分流 假期第二日繼續加強人手
面對 18 日的擠塞，入境處開放 L5 層離境大堂所有通道及櫃位，並聯同警方在 L2 及 L5 層實施人流管制。保安局表示，相關預案及時啟動，整體運作大致暢順。下午約 2 時起離境人流逐漸回落，到下午 2 時 40 分，離境大堂輪候時間已縮短至 15 分鐘以內。
19 日口岸再迎來南下回港人潮。保安局公布，當日下午 2 時至 4 時共有 9,401 人次入境，較過往同期增加 366%。入境處開放 L4 層全部入境通道，運輸署亦安排額外巴士及小巴疏導乘客。
《星島日報》19 日頭版以市民太「老定」沒有登記 e-道為題，引起網民討論，有人質疑將擠塞責任歸咎於旅客。事件同時涉及新系統操作、現場分流及交通接駁安排，實際上各項因素對延誤造成多大影響，仍有待當局進一步交代。
資料來源：星島日報、保安局、入境事務處、皇崗口岸合作查驗官方資料、政府 10 月 19 日新聞公報
